La SEC Suisse est organisée de la manière suivante

L'assemblée des délégués est l'organe suprême de la SEC Suisse et constitue son instrument législatif. La gestion stratégique de l'association est attribuée au comité central qui se compose de 7 et 9 membres. Ces derniers sont responsables de certains secteurs d'activité.

Le secrétariat central est situé à la rue Hans-Huber 4 à Zurich. Un secrétariat romand est localisé à Neuchâtel. La direction est assurée par la ou le secrétaire général en collaboration avec les secrétaires centraux/les ainsi que les autres responsables de départements.

Le document «Corporate Governance» détaille les structures et indique les personnes qui occupent les postes clés de l'association.